dans l'élevage : cela peut être le classique syndrome de privation (aussi appelé syndrome de privation sensorielle, ou encore syndrome du chenil), qui  installe une perturbation du comportement social du chien, c'est même un obstacle à l'installation d'un comportement social normal, mais ce n'est pas le seul. Il y aussi la peur : une peur intense à l'élevage peut modifier un comportement. Une peur violente ne va pas forcément modifier de façon systématique les réactions de l'animal, mais il risque d'avoir des réactions de peur dans des situations qui lui rappelleront celle dans laquelle il a eu peur. 
 

La maladie : la souffrance, la douleur, une infirmité (surdité par exemple) peuvent être un obstacle au comportement social normal. Il ne faut pas le voir comme une pathologie de comportement. Un chien sourd d'une oreille ne parvient pas à déterminer l'origine d'un son, c'est un frein à l'expression du comportement social. Mais ce chien n'est pas "malade" au point de devoir être soigné, par contre, son entourage doit s'adapter à son handicap.

le mode de vie chez le propriétaire : certains changements peuvent avoir une influence sur le chien, générer de l'anxiété, perturber la relation dans le système familial. Un  mode de vie incompréhensible pour le chien, des incohérences, des ambiguïtés parfois mal vécues par le chien. Face à ce qui est difficile à supporter pour lui, il ne sait pas quel comportement adopter, et cela génère une incompréhension. L'ambiguïté n'existe pratiquement pas dans la nature, ou si elle existe, elle ne peut pas durer longtemps. Donc le chien ne peut pas comprendre. La question à se poser n'est pas "qu'est ce qu'il a" mais "qu'est ce qu'on lui fait".  Attention, cela ne devient pas forcément pathologique pour autant. Exemples :

le dressage :  Ce n'est pas avec un collier et une laisse qu'on voit qui est alpha. Contrairement à une idée reçue,  le dressage ne résout pas les problèmes de hiérarchie, alors que les gens attendent cela du dressage -> on va dresser le chien, oui, mais cela ne va pas lui faire comprendre qui est alpha. Il peut très bien passer une journée sur un terrain et obéir au doigt et à l'œil, et en rentrant à la maison, le chien saute sur le lit. Il ne faut pas confondre hiérarchie, autorité et soumission.
Il y a souvent confusion entre obéissance et hiérarchie : un dominé peut très bien obéir à alpha sans que cela signifie soumission de sa part. L'obéissance, c'est se conformer à un ordre donné. Ce n'est pas ce que fait alpha : alpha est dans un registre de menace (parfois très subtil) qui donne le résultat de soumission. Si vous travaillez en entreprise, vous obéissez à votre chef, parce que c'est le contrat : vous êtes payé pour cela. Lui êtes vous pour autant soumis ? Non...C'est la même chose avec le chien : il obéit sur le terrain de dressage parce qu'il n'a pas le choix : non seulement il est en laisse, mais en plus, il risque une sanction physique (de la part de son maître ou carrément de "l'éducateur" (pas du tout éducateur, pour le coup !!) s'il ne se conforme pas à l'ordre donné. Il a donc tout intérêt à obéir. Mais ce n'est pas parce qu'il se couche sur un terrain de dressage qu'il accepte le leadership de ses propriétaires à la maison.
Le tort est de considérer le résultat efficace d'une communication en situation d'autorité (on donne un ordre au chien, le chien apparemment comprend l'ordre et produit le comportement attendu), comme le fait que chien est devenu obéissant.

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Certaines lectures : il existe quantité d'ouvrages consacrés à la race d'un chien. Ces descriptions de caractéristiques d'une race, si elles évoquaient une explication, des éclaircissements des comportements du chien et les traitaient comme étant propres à toute l'espèce canine, ce serait parfait. Mais ce n'est pas le cas : chaque livre décrit ce qu'il croit être le comportement propre à une race. Certaines personnes peuvent le croire et donc être très déçues face à la réalité. Cela peut amener des conséquences plus ou moins dramatiques (morsures etc.), des déconvenues, voire des abandons. Ce sont des indications douteuses, parfois fausses, qui vont prêter à  confusion (le doberman est intrépide, a les nerfs solides et est protecteur. Vraiment ? Cela peut se dire d'aucun ou de tous les chiens).

Le dressage au mordant : "il en a besoin", "un chien, c'est fait pour mordre", "c'est naturel" etc. On entend souvent ce genre de propos de la part des amateurs de mordant. En tant que comportementaliste, j'estime que c'est modifier un comportement initial qu'est l'inhibition de la morsure. Le chien est tout à fait capable de doser la morsure, il mord juste ce qu'il faut. La preuve, une femelle qui transporte ses petits, deux chiens qui jouent ensemble, attrapent une balle sans la percer etc.  Or, dans le dressage au mordant, on demande au chien de ne pas lâcher, de mordre fermement et de tenir la morsure. Dans la nature, ce type de morsure est faite pour tuer la proie, dans le cadre d'un comportement de prédation : elle  sert à serrer, immobiliser, voire briser les os, tuer la proie. Si le chien mord dans un cas de hiérarchie, il y a une morsure unique. Or, dans le mordant, on lui apprend qu'une morsure, pour être efficace, doit être dure et tenir : on modifie un comportement normal du chien, ce qui peut avoir des conséquences tragiques ! à déconseiller donc.
 

Les modifications anatomiques : ce sont les modifications de l'aspect du chien pour répondre aux attentes de l'acheteur : autectomie ou caudectomie  (coupe des oreilles et ablation de la queue) qui peuvent avoir des conséquences diverses. C'est une mutilation de convenance, parce que les juges et éleveurs ont décidé que telle race devait avoir elle caractéristique. Heureusement la loi est en train de changer. Il nous faudra simplement un peu de temps pour nous habituer à un doberman avec ses oreilles et sa queue. Et alors ? Si c'est mieux pour le chien et que cela ne fait que bousculer nos petites habitudes.... cela importe peu ! Non ?
Les oreilles et la queue participent beaucoup à la communication inter espèces :  rien que leur absence de mouvements peut favoriser les accidents -> une mauvaise communication entre chiens et avec des humains peut générer des conflits. L'échec de communication peut traduire des incompréhensions du maître (qui n'a pas constaté la peur de son chien qui plaque les oreilles qu'il n'a plus -évidemment !- ou replie la queue sur l'abdomen -difficile à matérialiser sans queue !!), puis des sanctions sur le chien qui ne comprendra pas pourquoi il est sanctionné, la tension monte entre les 2, et la mayonnaise prend. Tout cela  à cause d'une erreur de communication.

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toute pathologie engendrant une douleur ou un amoindrissement d'un des sens : il vaut mieux consulter un vétérinaire afin d'écarter toute cause de pathologie dans le changement de comportement du chien. Les causes biologiques sont les plus faciles à détecter ou éliminer, il vaut donc  mieux payer une consultation chez le vétérinaire plutôt que chercher pendant des semaines les raisons d'un comportement dont on ne peut pas trouver la cause puisqu'il n'a pas été ausculté.
 

les fausses interprétations : un comportement de soumission interprété comme signe de culpabilité, l'apaisement qui suit une agression (le plus souvent léchage du chien après avoir mordu) interprété comme "il sait qu'il n'aurait pas du me mordre, c'est sa façon de s'excuser" etc.
En général, cette attitude est comprise de travers par les propriétaires. Ainsi, la menace est mal nommée : on parle d' " agressivité ". Mot souvent utilisé, et de façon inappropriée.
Une menace, si elle fait partie de l'agression, n'est pas en soi une agression : il peut s'agir d'un comportement normal et pas pathologique (le chien n'est pas devenu pour autant un psychopathe). Le but de la menace n'est pas d'être agressif, c'est justement de ne pas passer à l'acte.  Si le maître répond par une menace plus forte, le chien peut très bien se soumettre. Idem pour la soumission, interprétée comme le signe de la culpabilité " il a compris ", alors que le chien ne fait que se soumettre, cela ne prouve aucunement qu'il a compris. Voir le chapitre "agression".

les types d'élevage  : est il encore nécessaire de le rappeler : les premières semaines de la vie du chien sont cruciales. En fonction de son lieu de naissance, de son entourage, de la façon dont sa mère l'éduque, dont les éleveurs le traitent, des stimulations qu'il reçoit, son caractère sera différent. Il y a les élevages industriels, propres et aseptisés, où le chien ne verra pratiquement jamais un enfant ni n'entendra le bruit d'appareils ménagers,  ou au contraire au fond d'une cave où il sera privé de lumière du jour, et des même stimulations citées plus haut. Il y a aussi des élevages familiaux qui font de l'excellent travail, et dont les éleveurs s'impliquent totalement dans l'éducation des chiots : ils les emmènent en ville pour les familiariser aux voitures, leur mettent des jouets à disposition, les stimulent, les socialisent aux autres espèces etc. Tout cela n'est pas sans conséquence pour le futur adulte...

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le cas du chien adopté dans un refuge (SPA ou autre) : il s'est produit un événement traumatisant pour le chien, qui n'est pas forcément celui que l'on croit. Le chien a été la plupart du temps abandonné, ce qui signifie qu'il y a eu  errance puis capture par une société protectrice des animaux. Puis des chiens entassés dans des boxes, alors que le sujet abandonné n'avait pas forcément l'habitude des contacts entre chiens avant l'abandon. Plus le passage des visiteurs qui s'arrêtent devant les grilles, parlent aux chiens, les taquinent derrière les barreaux... Tout cela est très perturbant pour le chien.
On peut  conseiller aux gens qui ont adopté un chien à la SPA  la plus grande patience et de ne surtout rien faire à l'arrivée du chien dans le foyer : laisser le chien à la maison, lui donner à boire et à manger, le solliciter au minimum (à moins que ce ne soit lui qui cherche le contact). Ne surtout pas l'appeler, tenter de le motiver, le laisser tranquillement identifier les lieux, le contexte, les personnes qui l'entourent. Cela peut prendre une journée ou plus, mais il faut être patient, ne lui demander grand chose tout de suite, sur le plan obéissance aussi. Ne pas trop exiger trop vite et trop de choses, lui laisser le temps de s'adapter à sa nouvelle vie.